হাইড্রোথার্মাল ম্যানেজমেন্ট সিস্টেমের প্রধান কাজ হল ফুয়েল সেল সিস্টেমের তাপ ভারসাম্য বজায় রাখা, অতিরিক্ত তাপ পুনরুদ্ধার করা এবং জ্বালানী সেল সিস্টেম শুরু করার সময় সহায়ক গরম করা, যাতে এটি নিশ্চিত করা যায় যে জ্বালানী কোষের স্ট্যাকের ভিতরে দ্রুত পৌঁছাতে পারে। উপযুক্ত তাপমাত্রা পরিসীমা, এবং নিশ্চিত করতে যে ক্যাথোড অ্যানোডের উভয় পাশে সর্বোত্তম কাজের ক্ষেত্রে।
জলের তাপ ব্যবস্থাপনা সিস্টেমটি মূলত ইলেকট্রনিক থার্মোস্ট্যাট, ইলেকট্রনিক ওয়াটার পাম্প, রেডিয়েটার, ডিওনিজার এবং এক্সপেনশন ট্যাঙ্কের সমন্বয়ে গঠিত।
ইলেকট্রনিক থার্মোস্ট্যাটের কাজ হল খোলার সামঞ্জস্য করে কুলিং সিস্টেমে বড় এবং ছোট সঞ্চালনের জলের প্রবাহকে সামঞ্জস্য করা, যাতে সঠিক তাপমাত্রা নিয়ন্ত্রণ অর্জন করা যায়।